液体活检提供了一种分析全身细胞分泌的游离RNA的方法。尽管目前血液中注释良好的编码和非编码转录本很容易检测到并且可以作为疾病的生物标志物，但无细胞转录组的整体诊断效用尚不清楚。

近日，美国加州大学克鲁斯分校的生物分子工程系研究团队在《Nature Biomedical Engineering》期刊上发表题为“Profiling of repetitive RNA sequences in the blood plasma of patients with cancer”的研究文章。该研究通过使用重复元素感知液体活检技术和单分子纳米孔测序技术对癌症患者血浆中的无细胞转录组进行测序分析，发现癌症患者血液中重复的RNA序列含量丰富，可作为疾病特异性诊断生物标志物。

研究人员开发了COMPLETE-seq技术用于RNA液体活检，对血液中无细胞RNA进行转录组的测序和分析。通过对来自肝癌、食管癌、结直肠癌、胃癌及肺癌五种不同癌症患者血浆中无细胞非编码和重复RNA进行重复感知的转录组注释，发现重复衍生的无细胞RNA中，长穿插核原件LINE、SINE和LTR元件转录的简单重复RNA和TE RNA在健康个体中以低水平或检测不到的水平存在，是癌症的特异性RNA。与仅使用良好注释的GENCODE编码和非编码基因进行无细胞RNA定量相比，COMPLETE-seq提高了来自胰腺癌患者的无细胞RNA数据中映射读数的百分比，并将食管癌的AUC由0.67提升到0.87。

COMPLETE-seq减少了用于下游分析和疾病分类的特征数量，并且该重复感知方法结合了蛋白质编码RNA和非编码RNA来实现高度准确的疾病分类。此外，COMPLETE-seq还提供了对疾病发病机制的系统性见解，以及发现癌症等疾病药物靶点的机会，对于进一步提高诊断性能、确定癌症组织起源及早期检测具有积极作用。

论文链接：

https://www.nature.com/articles/s41551-023-01081-7

注：此研究成果摘自《Nature Biomedical Engineering》期刊，文章内容并不代表本网站的观点和立场，仅供参考。