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科学家建立肠道菌群qPCR检测的方法用于非小细胞肺癌患者的免疫检查点抑制治疗预后分析
发布时间: 2024年07月12日  浏览次数:

免疫检查点抑制剂(ICIs)可有效重新激活T细胞对肿瘤的免疫应答效应,从而达到抗肿瘤的作用。有研究通过组学分析技术,发现患者肠道菌群对ICIs有较大的影响。然而,组学分析技术将肠道菌群视作整体进行分析,无法明确具体的细菌种属和所分析的靶点;另一方面,组学分析技术难以大范围应用于临床。因此,明确肠道菌群的分析在相关疾病的诊断中十分重要。

近日,来自法国古斯塔夫·鲁西癌症中心的研究团队在Cell杂志发表题为“Custom scoring based on ecological topology of gut microbiota associated with cancer immunotherapy outcome”的文章;该文章从非小细胞肺癌ICIs治疗的患者的粪便中明确了21种可以被qPCR检测的细菌,该类细菌与患者代谢和ICIs治疗具有高度相关性。

在这项研究中作者研究团队基于245例的采取ICIs治疗的小细胞肺癌(NSCLC)患者的粪便进行宏基因组测序,确定了两类与PD-1/PD-L1阻断治疗效果较差和效果较好的微生物亚群SIG1和SIG2,而游离在SIG1和SIG2中间的菌群则通过另外一组包含了ICIs治疗的254名非小细胞肺癌患者和216名肾细胞癌(RCC)尿路上皮癌(UC)的数据队列进行验证,最终通过拓扑评分(TOPSCORE)筛选得到了共83株不同类型菌株的队列,作者研究团队经过进一步筛选将测序结果转换为21个菌株特异性qPCR的48小时具体数值,并用于队列验证。该项研究可以在一定程度上对非小细胞肺癌患者进行准确的ICIs治疗敏感性的分类,临床转化简单,以便医师对患者采取更合适的药物治疗手段。

通过作者团队研究发现在83个菌株的TOPSCORE验证队列的敏感性、特异性分别为74.1%、56.8,AUC = 0.66。针对21个菌株的特异性qPCR定量的队列中与先前TOPSCORE队列的检测一致性为78%,特异性qPCR检测在训练队列(n=393,P=0.0003)和两组非小细胞肺癌患者的验证队列中均显示出显著性差异(n=77,P=0.0214/n=324,P=0.026),证明该21株菌株和非小细胞肺癌ICIs治疗的预后高度相关;除此之外,在其他癌症病例中也发现了一定的相关性,例如结直肠癌和结肠癌(n=102,P=0.033),黑色素瘤(n=165,p=0.0644)。该研究推进了肠道菌群和非小细胞肺癌等癌症治疗预后相关性领域的进展;qPCR操作简便、易于临床转化,便于医师快速对患者进行评估和给出相关的治疗建议,具有研究价值和转化潜力。

本研究跳出了肠道菌群的宏观组学分析,明确了与非小细胞肺癌ICIs治疗预后高度相关且能够被量化的菌群数据,使得宏观的肠道菌群分析向临床检测转化更进一步。